专项检查分三个阶段进行：一是宣传及自查阶段(2012年11月26日至12月1日)；二是执法检查阶段(2012年12月2日至2013年1月25日)；三是分析总结阶段(2013年1月26日至31日)。
在执法检查阶段，各级人力资源社会保障、住房城乡建设、公安、国资监管、工商行政管理部门和工会组织要组成联合执法检查组，集中力量对用人单位进行检查，对重点行业、重点区域及发生过拖欠农民工工资问题的用人单位要逐户进行检查，发现问题，及时处理。
对存在拖欠工资问题的用人单位，要责令其改正，对拒不改正的，处以罚款；对符合拒不支付劳动报酬罪情形的拖欠农民工工资案件，应及时向公安机关移送。
他还表示，对无故拖欠农民工工资数额大、时间长、性质恶劣的用人单位，在依法进行处理的同时，要向社会公布。进一步加大对拖欠农民工工资用人单位的处罚力度，对恶意拖欠、情节严重的，可依法责令停业整顿、降低或取消资质，直至吊销营业执照。
