转基因技术一直备受争议。袁隆平早先对媒体表态认为转基因是未来的发展方向，而被民众热议。关于转基因的争议，质疑声较多的是抗虫转基因作物，有观点认为转基因抗病抗虫的功能来自于毒蛋白基因，虫吃了会死，人吃了怎么办？
对此，袁隆平解释说：“转基因技术是目前的尖端技术，我认为转基因及转基因所属的分子技术将是未来发展方向。转基因技术不能一概而论，不能一听转基因就觉得很可怕。抗虫基因转自毒蛋白基因，虽然小白鼠试验成功，但民众对此有疑问还是正常的，对这样的转基因我们还是要谨慎，要通过完备的试验才能投入市场。而另外有一种基因，它是安全的，我们正在研究将碳四基因转到水稻上，这种技术能够大大提高水稻的光合作用效率，这种基因来自玉米，是安全的。虽然这项技术还没成功，但还是大有可为的。因此，我们也不能听到转基因就害怕，要谨慎对待转基因，而很多转基因还是好的。”
同时，袁隆平表示，他将身体力行支持转基因技术的发展，自己也愿意试吃转基因作物。
