目前，云南烤烟生产上已广泛推广应用漂浮育苗技术，漂浮育苗的出苗率较高（今年在95%以上），如果各项环节管理到位，消毒技术、基质、温湿度和光照调控好，一般不会出现过多的病虫危害。然而，今年云南部分烟区因条件所限，仍有小面积常规育苗（约在9%左右），常规育苗光、温、水等不易调控，烟苗易发生病虫害，应该引起重视。
常规育苗主要病虫害有黑胫病、根黑腐病、猝倒病、野火病、炭疽病、普通花叶病、黄瓜花叶病、东方蝼蛄、蟋蟀、小地老虎、烟蚜、野蛞蝓等，由于苗期烟苗小，轻微受害即严重影响其长势，重者引起死苗，致使大田无烟可栽，会造成很大的损失。但苗期育苗面积小，而且相对集中，容易管理。在抓好管理的条件下，防治病虫害是培育壮苗的关键，同时为大田病虫防治打下良好的基础。
一、常规育苗苗期病害的发生与防治
1. 黑胫病：苗期发病较少，幼苗发病多在基部出现黑色病斑，或从子叶发病蔓延到幼茎。湿度大时，病斑扩展很快，病部长满白毛，幼苗往往成片死亡。不要选用黑胫病发生重的地和低洼积水地作苗床，发病时可选用58%甲霜灵锰锌500倍液叶面喷雾防治。
2. 根黑腐病：从幼苗期到成苗期均可发病，幼苗期多从土表部位侵入，引起死苗，造成猝倒，较大烟苗的根受危害可变黑腐，重者病根全部变黑腐烂，这是该病的主要特征。病苗矮化，生长缓慢，出现“假脱肥”现象，极易与缺肥混淆。在烟苗水分管理上应避免浇水过多，避免在下午浇水；发病时可用50％甲基托布津500一1000倍液或58%甲霜灵锰锌600-1000倍液喷淋烟株基部，也可灌根。
3、猝倒病：主要在烟苗“大十字期”前发生，是苗期的主要病害，发病初期，病苗近地面处呈褐色水渍状腐烂，成片病苗呈暗绿色；发病后期，在发病苗床内幼苗往往成片倒伏死亡，似开水烫伤状。对烟苗的茎和叶均可造成危害，发生严重时可使整块烟苗倒伏、死亡、缺苗。苗床地应做到畦面平整，排水方便；播种密度不宜过高，及时间苗、定苗。发病初期应及时揭膜通风，降低湿度以抑制病害发生，同时，可用58%甲霜灵锰锌500倍液泼浇或喷雾叶面进行防治。
4、炭疽病：在猫耳期至成苗期发生严重。发病初期，叶片产生暗绿色水渍状小点．2―3天后逐渐扩大为直径2―5 l的圆形病斑，病斑周围隆起，呈褐色。后可在叶脉、叶柄及茎上发生，在大十字期3―4个病斑就可使整株幼苗枯死。在极易发病的烟区，当烟苗进入“大十字期”以后喷1次1:1:180倍波尔多液保苗防病，发病时喷代森锌600倍液防治，隔10天左右再喷1次。
5、野火病：烟苗进入猫耳期后开始零星出现病斑，在成苗期发生严重，叶部初为黑褐色水渍状小圆斑，周围有一圈很宽的黄晕，以后病斑扩大，直径可达1一2 m。在多雨潮湿天气，会在成片的苗床间迅速蔓延，造成大片死苗。宜采取预防与防治相结合，在烟苗大十字期喷一次1:1:180倍波尔多液进行预防，发病时或大田移栽前可选用硫酸链霉素200单位喷雾防治。
6、病毒病：在“大十字期”至成苗期发生。普通花叶病和黄瓜花叶病是苗期的主要病害，普通花叶病病毒主要由汁液传播，而黄瓜花叶病病毒主要通过蚜虫传播。烟苗病毒病的发生主要与气候条件、传毒介体昆虫和农事操作等密切相关，由于烟株感染病毒后很快引起系统侵染，防治又十分困难。因此病毒病的防治应以预防为主，在育苗全过程都要覆盖防虫网；注意农事操作卫生，如间苗、假植等人与烟苗接触的操作要做到手和工具用肥皂水消毒；重点抓好蚜虫等介体昆虫的防治；在6―7叶时叶面喷施毒消600倍液，7天后再用一次，移栽后15天再用一次，可提高烟叶抗病毒能力，减轻发病。
二、常规育苗苗期虫害的发生及防治
1. 东方蝼蛄：蝼蛄以成虫、若虫在土中取食烟草种子、幼根、幼茎，根茎部被害后使烟苗枯萎。此外蝼蛄在近土表开掘隧道，切断幼苗或使烟苗根土分离，导致烟株失水枯死。防治方法主要以农业防治为主,冬春季节，翻耕土壤。在播种前进行床土熏烧防治效果良好。诱杀成虫、若虫。利用蝼蛄的趋光性、趋粪性，用黑光灯诱杀成虫；进行挖坑堆骡、马厩粪诱杀。用豆饼50 k ：水5 k ：敌百虫0．5 k比例配制成毒饵，撒于苗床周围进行诱杀。
2. 蟋蟀：成虫、若虫主要取食烟苗的根茎，也取食烟叶呈缺刻。密度大时严重影响烟苗生产，造成较大的损失。可用2.5%敌百虫粉250克拌炒香的麦麸5 k，加水适量配制成毒饵，于傍晚均匀撒入苗床防治。也可用90％敌百虫800倍液或40％辛硫磷1000―1500倍液叶面喷雾防治。
3. 小地老虎：3―4月为发蛾期，4―5月为一代幼虫发生期，正值烟苗生长或早期移栽阶段，小地老虎对烟苗有嗜食性，危害严重。防治方法,首先是清除杂草，用作育苗的苗床及烟地应及早进行翻耕，翻晒，以减少土壤的幼虫和蛹。再次是捕捉幼虫，每天清晨，在浇水、补苗前，注意拨开被害株周围表土寻捕幼虫。药剂防治，苗床期在傍晚用功夫2000倍液或2.5％敌杀死2500倍进行叶面喷雾，让其咬食后中毒死亡。也可用90％敌百虫800倍液或40％辛硫磷1000―1500倍液叶面喷雾防治。
4. 烟蚜：云南气候温和，“冬无严寒，夏无酷暑”，秋季烟草收获后，烟蚜转移到油菜、蔬菜及一些杂草上为害。翌年2―3月份烟草播种后，烟蚜又转移到烟草上危害。移栽前苗期正值油菜等夏收作物上蚜虫迁移期．可直接迁入苗床，蚜虫集中在烟苗心叶上吸食汁液，造成叶片卷曲，不仅影响烟苗的正常生长，更主要的是蚜虫还会传播病毒病。因此，应在整个育苗阶段自始至终覆盖防虫网，一旦发现烟蚜就应及时用10％吡虫啉可湿性粉剂3000倍喷雾防治。
5. 野蛞蝓：在大十字期前野蛞蝓主要危害烟苗的生长点，以后主要取食叶片，使叶呈缺刻、孔洞，严重时叶片仅剩叶脉。发生危害时用油茶枯或皮哨子(1:40)浸泡液防治，也可用6％密达颗粒剂按1g/m拌干细沙撒布防治，也可在傍晚将白菜或莲花白叶分散放在苗床上，早晨收集菜叶灭虫。
