《规划》在系统总结分析我国畜禽养殖污染防治现状、问题和形势的基础上，以科学发展观为指导，遵循“统筹兼顾、突出重点，预防为主、利用优先，因地制宜、分类管控，疏堵结合、双管齐下，多方联动、合力推进”的原则，对“十二五”时期畜禽养殖污染防治工作目标、主要任务和保障措施提出了明确要求，进行了全面部署。
《规划》的基本思路是，践行生态文明理念，按照“发展中保护、保护中发展”的要求，以推动农牧结合、种养平衡、循环利用为根本手段，提高农业资源综合利用效益，减少污染物排放，保障区域环境质量和畜牧业健康持续发展。
《规划》的重点治理单元是规模化养殖场(小区)、污染严重的养殖密集区域，重点区域是养殖总量大、污染负荷重、国家水污染防控重点流域和区域等。
《规划》目标是，到2015年，全国畜禽养殖污染状况基本摸清，畜禽养殖污染防治法规标准体系基本健全，畜禽养殖环境监管和污染防治科技支撑能力明显提升，畜禽养殖废弃物综合利用和污染治理设施建设得到加强，严重危害群众健康的突出畜禽养殖污染问题基本解决，全国畜禽养殖化学需氧量、氨氮排放量较2010年分别减少8%、10%以上，分别新增削减能力140万吨/年、10万吨/年。
